Gøtzsche (1949) voltooit in 1974 zijn studies biologie en scheikunde maar vindt het moeilijk hier een baan in te vinden. Hij kiest daarom voor de farmaceutische industrie en wordt artsenbezoeker en productmanager bij het Zweedse bedrijf Astra. Hij specialiseert zich vervolgens in interne geneeskunde en voltooit in 1984 zijn opleiding tot arts. Van 1984 tot 1995 is hij werkzaam als arts in diverse ziekenhuizen in Kopenhagen.
Het werk in de farmaceutische industrie begint Gøtzsche steeds meer tegen te staan. Hij laat zich kritisch uit over de farmaceutische industrie, die volgens hem alleen uit is op winst en niet op de genezing van mensen. In 1993 is hij betrokken bij de oprichting van het netwerk Cochrane Collaboration, een wereldwijde groep van onafhankelijke onderzoekers, die voortdurend medische bewijsvoering tegen het licht houdt. In hetzelfde jaar richt hij het Nordic Cochrane Centre op.
Gøtzsche is van mening dat farmaceutische bedrijven trucs gebruiken om de onderzoeksresultaten van medicijnen fraaier voor te stellen. Volgens Gøtzsche kan de uitkomst hiervan op de wereldmarkt miljarden euro’s verschil maken. In 2010 wordt hij hoogleraar klinisch onderzoek aan de universiteit van Kopenhagen en wordt in 2017 gekozen voor het Cochrane Governing Board.