Aan de hand van grote thema's als energie, water, handel, veiligheid en de groei van steden gaat Onzichtbaar Nederland terug in de tijd. Hoe zag ons land er toen uit, wat is daarvan nu nog zichtbaar en wat is er niet meer zichtbaar in het landschap? Door beelden van toen en nu met elkaar te combineren, worden deze veranderingen zichtbaar.

Neem het Utrechtse Hoog Catharijne, dat in de aflevering over steden aan bod komt en is gevormd door de plannen om een snelweg dwars door Utrecht aan te leggen. De snelweg ging niet door, maar er kwam wel een parkeergarage: het begin van Hoog Catharijne zoals we het nu kennen.

Onzichtbaar Nederland toont niet alleen de transities van toen naar nu, maar ook de bijzondere verhalen van mensen die de veranderingen hebben meegemaakt. Zo vertelt de aflevering over water onder andere het verhaal van de familie Vos uit Gouderak, die in de jaren '60 naast de Hollandsche IJssel woonde. Hun huis werd op een flinke berg giftig afval gebouwd, destijds een gangbare manier om goedkoop grond op te hogen. Toen dit twintig jaar later werd ontdekt, werden alle inwoners van het gebied gedwongen hun huis te verlaten. Maar wat moest meneer Vos doen met het reusachtige orgel dat hij eigenhandig in de huiskamer had gemonteerd?