Als spoeljongen werkte hij in de Nederlandsche Cocaine Fabriek in Delfzijl, zijn directeur raadde hem aan door te leren, Zo begon zijn loopbaan van fabrieksarbeider tot hoogleraar dialectische filosofie.
Na de oorlog, in 1946, werd hij lid van de CPN, Een jaar later was hij opleider van de gestaalde kaders. In 1951 viel Harmsen in ongenade omdat hij te kritisch was, maar zijn spreek- en schrijfverbod werd onder de dooi ten tijde van Chroestjov opgeheven. De ongenade kwam later weer terug en toen verliet hij de partij in 1958. Daarna was hij actief in PSP en vakbeweging.
In 1973 werd Harmsen hoogleraar dialectische filosofie en historische sociologie aan de Rijksuniversiteit Groningen (RUG). Onder zijn promovendi bevond zich ook de jonge Pim Fortuyn. (Op 11 december 1980 promoveerde Fortuyn bij Ger Harmsen op het proefschrift Sociaal-economische politiek in Nederland, 1945-1949.)
Hij verzamelde van alles: geschiedenisboeken en verhalen maar ook mossen en korstmossen.
Harmsen overleed op 3 april 2005 op 83-jarige leeftijd in zijn woonplaats De Knipe in Heerenveen.
Marathoninterview Ger Harmsen
Ger Harmsen
Ger Harmsen hing tot zijn dood in 2005 het marxistische socialisme aan, maar al in 1958 was er een breuk met de CPN. Zijn oud-partijgenoten wilden door zijn wetenschappelijk succes, niets met hem te maken hebben. Hij kreeg de bijnaam NATO-professor. In 1980 was een van zijn promovendi in Groningen: Pim Fortuyn, die later ook de linkse kerk de rug toekeerde. Op 8 augustus 1997 was Ger Harmsen, filosoof en historicus, de gast van Ronald van den Boogaard.