Na haar studies vestigde Jessica Stern zich enige jaren in Moskou. Vanuit die achtergrond werd ze gevraagd zitting te nemen in de National Security Council van de Amerikaanse regering. Haar adviezen betroffen hier vooral het gevaar van smokkel van nucleaire stoffen. Ze was ook medeverantwoordelijk voor 'Project Sapphire', een geheime operatie waarbij meer dan een halve ton hoogradio-actief materiaal vanuit Kazachstan werd overgebracht naar de Verenigde Staten, om daar veilig te worden opgeborgen.
Jessica Stern geldt als één van 's werelds belangrijkste terrorismedeskundigen. Ze schreef talloze artikelen en enkele boeken over het onderwerp, waaronder 'The Ultimate Terrorists' (1999), en "Terrorism in the name of God; why religious militants kill" (2003). Voor het laatste boek, dat ook in Nederlandse vertaling verscheen, reisde ze vier jaar lang de wereld rond om onderzoek te doen.
De Hollywoodfilm The Peacemaker is voor een belangrijk deel gebaseerd op het leven en werk van Jessica Stern. Zij adviseerde de makers van de film en hoofdrolspeelster Nicole Kidman.