Roy groeit op in een protestants gezin in La Rochelle, aan de Franse kust. Hij wordt opgevoed met de bijbel, maar ook met reisverhalen. Op zijn negentiende jaar, als hij filosofie studeert in Parijs, besluit hij naar Afghanistan te gaan. Hij leert zichzelf Farsi, en reist af naar Iran en daarna door naar Kabul. Daar komt hij voor het eerst in contact met de islam.
Na deze reis besluit Roy dat hij zich meer moet verdiepen in deze godsdienst, en in de Afghaanse cultuur. In 1972 studeert hij af in zowel filosofie als Perzische taal en cultuur. Later volgt dan nog politicologie. Zijn belangrijkste werken zijn 'l'Echec de l'Islam politique' (1992), 'La nouvelle Asie centrale ou la fabrication des nations' (1997) en 'L'Islam mondialisé' (2002).