Na de val van de Taliban werd Khan gouverneur en krijgsheer in de westelijke provincie van Herat. Khan trok zich weinig aan van het centrale bestuur. Hij had een eigen leger en droeg geen belasting af aan de regering in Kabul. In maart 2004 braken hevige gevechten uit in Herat tussen troepen van Khan en een rivaliserende krijgsheer. Premier Hamid Karzai die probeerde de macht naar de centrale regering toe te trekken, ontsloeg Khan als gouverneur van Herat en benoemde hem in september 2004 tot minister van Energie en Water. In eerste instantie weigerde Khan de aanstelling. Khans troepen bestormden daags na het ontslag gebouwen van de Verenigde Naties in Herat. Er werd gevreesd voor destabilisering van de regio, maar uiteindelijk is Khan overstag gegaan. Ismael Khan is nu minister van energie en water in de regering van Karzai, de enige krijgsheer in een dergelijke functie.
Ismael Khan voerde de eretitel ‘de leeuw van Herat’. Hij was één van de ‘zeven leeuwen’: de zeven meest belangrijke krijgsheren van Afghanistan. Zijn machtsbasis lag in Herat. Met zijn militie van Jamiat-i-Islami lukte het hem om zeggenschap te houden in Herat gedurende het communistische bewind en later tijdens de burgeroorlogen. Onder de Taliban sloot hij zich aan bij de ‘Jahb-e Mothed-e Melli’ (‘United Islamic Front for the salvation of Afghanistan’) beter bekend als de “Northern Alliance”, de groep die uiteindelijk gesteund door de Verenigde Staten het Taliban bewind omver wierp.