Goudsmit is actief op het gebied van Aids-bestrijding. Zo is hij onder meer oprichter van IAVI (International AIDS Vaccine Initiative), een internationale organisatie voor een wereldwijd HIV-vaccin. Momenteel is hij voorzitter van het bestuur van de 'AIDS Foundation East-West', een non-gouvernementele organisatie gericht op de bestrijding van AIDS in landen van de voormalige Sovjet-Unie.
Sinds 2002 is Goudsmit wetenschappelijk directeur van Crucell te Leiden, een bio-farmaceutische onderneming die vaccins en antistoffen ontwikkelt om infectieziekten te voorkomen en te bestrijden. Crucell fabriceert producten tegen onder meer het HIV-virus en verschillende typen tumoren.