Tijdens zijn wetenschappelijke carrière in Leiden heeft Derksen, naast zijn aanstelling bij Bestuurskunde, ook de prestigieuze Thorbeckeleerstoel bekleed met als onderwerp ‘de leer van de gemeente als juridisch, politiek en bestuurlijk systeem’. Van 1993 tot 2000 is hij raadslid geweest van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid (WRR), daar heeft hij onder meer de rapporten 'Orde in het binnenlands bestuur', 'Staat zonder Land' en 'het Borgen van Publiek belang' uitgebracht. Momenteel is Derksen nog als adviserend lid bij de WRR betrokken.
Op de Erasmus Universiteit richt Derksen zich momenteel in het bijzonder op ‘de empirische studie van het overheidsbeleid’. Daarnaast is hij sinds 2005 voorzitter van de procescommissie Evaluatie Schipholbeleid.