Zijn rol in het Tsjetsjeense verzet wordt belangrijk nadat Russische strijdkrachten in 1994 het gebied binnenvallen. Hij wordt leidinggevend commandant van de Tsjetsjeense rebellen in de eerste Tsjetsjeense oorlog. Na de oorlog stelt hij zich kandidaat voor de presidentsverkiezingen, hij verliest van Aslan Maskhadov. In 1997 wordt Basaev minister-president in de ‘Tsjetsjeense Republiek Ichkeria’. In maart 1998 neemt Basaev ontslag als minister –president. Hij wordt commandant van het Tsjetsjeense leger.
Basaev bundelt zijn krachten met de krijgsheer Al-Chattab in Dagestan. Hun strijdkracht zou 5000 tot 7000 man sterk zijn en volgens Russische bronnen gefinanciëerd worden door Osama Bin Laden. Basaev vertegenwoordigt de militaire tak van het Tsjetsjeense verzet. Hij legitimeert zijn gewelddadige acties op burgers met de stelling dat iedereen die via belasting het bewind van Rusland steunt, medeschuldig is aan de onderdrukking van het Tsjetsjeense volk. Hij beroept zich op de Islam, voor hem is de oorlog in Tsjetsjenië een Jihad.
In een interview (uitgezonden door Channel 4) spreekt Basaev over zijn drijfveren en hij kondigt toekomstige acties aan