Op 12 oktober 2002 vindt op het Indonesische eiland Bali een aanslag plaats in een nachtclub waar een zelfmoordterrorist zich opblaast. Er vallen 202 doden, voornamelijk Australiërs. Na de eerste explosie ontploft verderop in de straat een busje gevuld met 1 ton explosieven. Vrijwel tegelijkertijd vindt er ook elders op het eiland een explosie plaats. Dit gebeurt in de buurt van het Amerikaanse consulaat. Hierbij vallen geen doden.
In augustus 2003 wordt een terroristische aanslag gepleegd op het Mariott Hotel in de Indonesische hoofdstad Jakarta. Hierbij vallen twaalf doden, onder wie een Nederlandse directeur van de Rabobank.
Op 9 september 2004 is de Australische ambassade in Jakarta doelwit van een aanslag met een bomauto. Bij de zelfmoordaanslag vallen, inclusief de zelfmoordenaar, elf doden en 180 gewonden. De 30-jarige Indonesiër Iwan Dharmawan, ook wel bekend als Rois, wordt door de Indonesische rechter ter dood veroordeeld wegens zijn rol bij de aanslag. Hij wordt veroordeeld wegens het kopen van het bestelbusje en ander materiaal waarmee de aanslag is gepleegd. Ook wordt hij schuldig bevonden aan het ronselen van de chauffeur van het busje. Rois had bovendien nauwe banden met de regionale terreurgroepering Jemaah Islamiyah, die verantwoordelijk wordt gehouden voor veel aanslagen in Zuidoost-Azië.
Nadat het toerisme weer op gang komt, vindt in juli 2005 opnieuw een aanslag plaats op Bali, waarbij enkele tientallen mensen de dood vinden. Op 1 oktober 2005 is het weer raak. Bij drie restaurants op Jimbaran Beach en in Kuta, twee toeristische badplaatsen in het christelijke zuiden van Bali, brengen zelfmoordenaars bommen tot ontploffing. Daarbij vallen twintig doden en meer dan honderd gewonden.
De afgelopen jaren zijn er verschillende aanslagen gepleegd in Indonesië, waarbij veel buitenlandse toeristen het slachtoffer werden. Een kort overzicht: