Rond de oorlog in het voormalig Joegoslavië speelt beeldvorming een belangrijke rol. Want klopt het beeld wat is ontstaan over de oorlog in het voormalig Joegoslavië (en over de rol van Slobodan Milosevic), met de werkelijkheid? Regisseur Jos De Putter probeert met zijn 'Kanttekeningen bij het proces' de verhalen achter het ontstane beeld te reconstrueren en ontdekt dat er veelvuldig wordt gemanipuleerd door alle betrokken partijen.

Beelden van concentratiekampen, massaslachtingen en executies staan op ons netvlies gebrand. Deze beelden werden de iconen van het Servische kwaad dat zijn heerschappij op de Balkan probeerde te vestigen. En deze beelden droegen er in belangrijke mate toe bij dat er een oorlogstribunaal werd opgericht.
In De zaak Milosevic wordt duidelijk dat de verdachte zich behalve tegen de formele aanklachten, ook tegen de beeldvorming moet verdedigen. De programmamaker worstelt met de vraag in hoeverre Milosevic nog op een rechtvaardige manier wordt berecht. De voor- en tegenstanders van de voormalige president dwingen de kijker door hun bijdragen aan de film, opnieuw na te denken hoe hij zich moet verhouden tot de beelden die hem worden voorgeschoteld.

Het aanvankelijke optimisme van Carla del Ponte op een goede afloop van de zaak Milosevic wordt door Paul de Waart, hoogleraar Internationaal Volkerenrecht, getemperd. De Waart maakt zich grote zorgen over het proces dat steeds duidelijker een politiek karakter krijgt: “De aanklager heeft op dit moment nog geen zaak en de vraag is of zij het ooit zal krijgen”. Een voormalig kroongetuige, kapitein Dragan, die voor de Serviërs in de Kraijina vocht, maakt zich boos over het internationaal oorlogstribunaal voor ex-Joegoslavië, “Zij maken een held van hem, en dat is nog wel het ergste.”