In verscheidene interviews geeft Zayat aan dat het zijn broer was die hem op een ander spoor zette. Deze overtuigde hem aan op zoek te gaan naar de ‘zuivere’ islam en zich in te zetten voor de islamitische beweging. Zo begon Zayat zich te verdiepen in politieke islamitische literatuur. Hij werd vooral gegrepen door de boeken van Sayyid Qtub, zoals zijn ‘Milestones on the Road’. Hierin roept Qtub op tot een heilige strijd tegen de ongelovige samenleving en het stichten van een Islamitische staat. Montasser al Zayat besloot zich aan te sluiten bij de militante Islamistische beweging Gama’a al Islamiya, de Islamitische Groep.
In 1981 pleegde de ondergrondse militante beweging Al Jihad (‘de strijd’) een moordaanslag op de president Sadat met het idee hierna de macht over te nemen. Sadat werd tijdens een militaire parade op de publieke tribune neergemaaid, maar de machtsgereep mislukte. Er volgde harde repercussies van het Egyptische regime. Tijdens de massa-arrestaties belandde ook Zayat op in de gevangenis. Hier leerde hij Ayman al-Zawahiri kennen, een ideoloog van Al Jihad. Zawahiri is tegenwoordig vooral bekend als rechterhand van Osama bin Laden. In de gevangenis nam Zawahiri het op voor Zayat en stelde de martelingen waar Zayat aan onderhevig was aan de kaak. Hiervoor is Zayat hem nog altijd dankbaar. Ook al liepen hun wegen uit elkaar en heeft al-Zayyat het geweld afgezworen, nog steeds omschrijft hij Zawahiri als een vriend.
In 2004 schreef hij een boek over hem, 'The Road to Al Qaeda', waarin hij het radicaliseringproces van de Egyptische arts beschrijft. Zayat heeft de 'zachtmoedige man' die Zawahiri ooit was onder invloed van structurele martelingen in de gevangenis zien veranderen in een nietsontziende radicaal. Al-Zayyat zelf heeft intussen gekozen voor de 'da'wa' benadering, ofwel het informeren en het mobiliseren van burgers 'bottom up', om zo veranderingen in de samenleving te bewerkstelligen. Ook besloot hij in de gevangenis dat hij zich in wilde zetten als advocaat van Islamisten. In de gevangenis had hij ervaren hoe moeilijk het was een advocaat te vinden die hem begreep. Hij zag dat er behoefte was aan een advocaat die fundamentalistische moslims kon begrijpen en die zij konden vertrouwen.
Zayat staat naast advocaat ook bekend als brug tussen radicale islamitische groeperingen en de Egyptische overheid. Hij speelde een belangrijke rol in het onderhandelen van een wapenstilstand tussen de Gama’a al Islamiya en de Egyptische regering. Zayat wist voor elkaar te krijgen dat de Egyptische autoriteiten de leiders van de Gama’a al Islamiya toestemming gaf een tour te maken langs de gevangenissen om hun aanhang te overtuigen van het staakt het vuren. Dit had succes; Gama’a al Islamiya besloot het geweld af te zweren en duizenden gevangenen, die vaak zonder beschuldiging vast zaten, werden vrijgelaten. De positie van Montasser al-Zayat tussen de extremisten en de gematigden maken hem in beide kampen impopulair en gewantrouwd maar tegelijkertijd zeer waardevol.
Zayat voert het debat in alle openbaarheid. Hij publiceerde verschillende boeken, waaronder een biografie van Zawahiri. In 2005 kwam zijn achtste boek uit, een gedetailleerde geschiedenis van de Gama’a al-Islamiya en de Islamistische beweging van de afgelopen 30 jaar (zie het artikel ‘The Insider’ bij de links). Ook wordt al-Zayyat regelmatig door de Arabische TV zender Al-Jazeera als politiek commentator opgevoerd.