Thompson heeft vooral onderzoek gedaan op het gebied van de sociale organisatie van de media, de sociale en politieke impact van informatie- en communicatietechnologieën, en veranderende vormen van politieke communicatie. In 2001 ontving Thompson de European Amalfi Prize for Sociology and the Social Sciences voor zijn boek Political Scandal (2000). Hierin analyseert Thompson hoe politieke schandalen door het verdwijnen van de scheidslijn tussen privé en publiek leven sinds de opkomst van de nieuwe media, tegenwoordig aan de orde van de dag zijn. Momenteel doet Thompson onderzoek naar de boekindustrie. Geen bedrijfstak is de afgelopen 500 jaar aan meer verandering onderhevig geweest dan uitgeverijen. Thompson onderzoekt het verband tussen deze veranderende structuur binnen uitgeverijen en het publiceren van bestsellers. Zelf is Thompson ook uitgever en één van de oprichters van Polity Press.
John Thompson is hoogleraar sociologie aan Cambridge University en fellow aan het Jesus College in Cambridge.