Hij is gespecialiseerd in het Midden-Oosten van de 19e en 20e eeuw. Hij heeft meerdere publicaties op zijn naam staan, waaronder Frontiers of the State in the Late Ottoman Empire dat de Albert Hourani prijs won. Rogan is nauw verbonden met de zogenaamde “new historians” or “revisionists,” een groep Israëlische geschiedkundigen die de officiële versie van het ontstaan van de Israëlische staat betwist, en dan met name het idee dat de Palestijnen vrijwillig zouden zijn vertrokken uit Palestina. In dit kader stelde hij samen met Avi Shlaim het boek The War for Palestine: Rewriting the History of 1948 samen.
In 2009 kwam het boek The Arabs: A History uit. Het boek werd door The Economist en The Financial Times op de lijst van beste non-fictie van het jaar gezet. Rogan beschrijft de geschiedenis van de Arabische volkeren vanaf de Ottomaanse overheersing aan het begin van de 16e eeuw tot aan vandaag. De 16e, 17e, en 18e eeuw worden echter vluchtig behandeld en Rogan concentreert zich op de periode die begint met de kolonisatie van Noord-Afrika aan het begin van de 20e eeuw. Het dominante thema van het boek is dat de Arabieren te lang onder het juk van buitenlandse machten hebben moeten leven. Eerst de Ottomanen, toen de Europeanen en daarna de Sovjet-Unie en Amerika. Rogan biedt daarom de context die ons in staat stelt de opstanden van vandaag te begrijpen.
De Nederlandse vertaling, genaamd De Arabieren, kwam 15 april bij uitgeverij De Bezige Bij uit.