In 2000 werd van de Donk benoemd tot hoogleraar maatschappelijke bestuurskunde aan de Universiteit van Tilburg. In dezelfde periode werd hij aangesteld als kwaliteitsbewaker bij het Expertisecentrum voor overheidsautomatisering in Den Haag.
In 2003 werd Prof. Dr. Wim van de Donk benoemd tot lid van de Wetenschappelijke Raad voor het Regeringsbeleid. Per 1 september 2004 wordt hij benoemd tot voorzitter van de Raad. Van de Donk was voorzitter van de projectgroep die het rapport ‘Focus op Functies, uitdagingen voor een toekomstbestendig mediabeleid’ opstelde, waarin de WRR uitgebreid analyseert hoe de overheid de Publieke Omroep kan vormgeven in een sterk veranderend medialandschap.